Väčšina buniek je veľmi malá, za hranicou ľudského videnia. Na pozorovanie buniek sa musí použiť mikroskop. Kým sa však nerozpozná objektívna existencia buniek, stále nie je možné vedieť, že objekty pozorované pod mikroskopom sú bunky. Takže v roku 1677, keď A. van Leeuwenhoek pozoroval zvieracie "spermie" s jednoduchým mikroskopom, nevedel, že je to bunka. Slovná bunka (odvodená z latinskej bunky, čo pôvodne znamená neplatná bunka) bola pomenovaná po tom, čo R. Hooker videl, že korok obsahoval malé bunky pri pozorovaní korkovej časti v roku 1667. V skutočnosti tieto bunky nie sú živé štruktúry, ale dutiny tvorené bunkovými stenami, ale termín bunka bola použitá z tohto dôvodu. V období osvietenia cytológie, hoci mnoho malých objektov - ako sú baktérie a náplasti - sa pozoruje aj jednoduchým mikroskopom, hlavným účelom je pozorovať niektoré vývojové javy, ako je metamorfóza motýľov, štruktúra spermií a vajec. Vzhľadom na obmedzenia mikroskopu v tom čase, nepresnosť pozorovaní a obmedzenia náboženského presvedčenia tieto pozorovania skutočne podporili dogmu teórie pred usadením. Niektorí ľudia tvrdia, že videli konkrétnych a jemných "malých mužov" v spermiách a veria, že sa vyvinú do budúcich ---seentialistov; iní veria, že "malí muži" existujú vo vajciach ---eggists. Vplyv predsudkov trval viac ako 100 rokov a bránil ľuďom v ďalšom chápaní buniek na základe R. Hookera. Až v roku 1827 К.M. Bell objavil vajíčka cicavcov, ktoré začal starostlivo pozorovať samotné bunky. Achromatická objektív, ktorá bola vyvinutá pred a po tomto, zavedenie karmínu a hematoxylínu ako farbív na farbenie jadra a spustenie mikrotómu a technológie krájania vytvorili priaznivé podmienky pre podrobnejšie pozorovanie buniek.
