Od roku 2013 neexistuje jasná klasifikácia geneticky modifikovaných potravín a podľa praxe je možné vykonať rôzne klasifikácie podľa rôznych noriem.
Podľa toho, či geneticky modifikovaná potrava obsahuje geneticky modifikovaný zdroj ako štandard, možno ju rozdeliť na tieto tri rôzne typy:
(1) Geneticky modifikované potraviny, ktoré neobsahujú geneticky modifikované potraviny, sa vzťahujú na potraviny, ktoré sú odvodené z geneticky modifikovaných organizmov, ale samotné výrobky neobsahujú žiadne prenesené gény.
(2) Geneticky modifikované potraviny obsahujú geneticky modifikované zložky, ale ich vlastnosti sa počas spracovania zmenili a prenesené aktívne gény už v geneticky modifikovaných potravinách neexistujú.
(3) Geneticky modifikované potraviny obsahujú aktívne genetické zložky. Potom, čo ľudia jedia takéto geneticky modifikované organizmy alebo jedlo, prenesené gény a inherentné gény organizmov ovplyvnia ľudské telo.