Samočistiaci systém označuje systém, ktorý má určitý stupeň samočistiacej a absorpčnej kapacity pre látky znečisťujúce životné prostredie. Ide o agroekologický komplex, v ktorom sa samočistia látky znečisťujúce životné prostredie za predpokladu neprekročenia environmentálnej kapacity prostredníctvom fyzikálnych, chemických a biologických účinkov poľnohospodárskej pôdy, rastlín a mikroorganizmov.
