Tí, ktorí sú proti geneticky modifikovaným potravinám, zahŕňajú širokú škálu záujmových skupín, od Greenpeace po farmárov' spolky ku kresťanským cirkvám a pod. Ich opozícia sa sústreďuje v troch oblastiach:
Po prvé, genetická modifikácia je proti prírode, a preto škodlivá. Podporovatelia odpovedali, že dnešné plodiny&# 39 už nie sú primitívnymi odrodami, inak by zelenina, ktorú ľudia jedia, mala byť rovnaká ako tráva, ktorú jedia zvieratá.
Po druhé, po zavedení génov s herbicídnou rezistenciou alebo toxických funkcií ničiacich škodcov je jedlo, ktoré poskytujú, pre ľudí bezpečné? V reakcii na to priaznivci zdôraznili, že doteraz žiadne kvalifikované výskumné inštitúcie nenašli dôkazy o tom, že geneticky modifikované potraviny škodia ľudskému zdraviu, ale ich dlhodobý vplyv je možné iba odvodiť a je ťažké získať komplexné dôkazy, ktoré by ľudí presvedčili.
Po tretie, je možné, že propagácia geneticky modifikovaných rastlín príliš narýchlo ovplyvňuje poľnohospodárstvo a ekologické prostredie? Podpora geneticky modifikovaných plodín rezistentných voči herbicídom môže povzbudiť poľnohospodárov k nadmernému používaniu herbicídov, a tým poškodiť alebo dokonca vyhynúť niektoré iné hlavné plodiny. Mnoho poľnohospodárov v rozvojových krajinách používa také hlavné plodiny ako doplnkové potraviny alebo krmivo. Americký úrad pre rybné hospodárstvo a voľne žijúce zvieratá zistil, že účinky herbicídov sú ohrozené 74 druhov rastlín.