Patogén je kolektívny termín pre mikroorganizmy a parazity, ktoré môžu spôsobiť ochorenie. Mikroorganizmy predstavujú prevažnú väčšinu vrátane vírusov, chlamýdií, rickettsia, mykoplazmy, baktérií, spirochetov a húb; parazity zahŕňajú hlavne prvoky a červy. Patogény sú parazitické organizmy a prirodzení hostitelia parazitizovaní sú zvieratá, rastliny a ľudia. Existuje viac ako 400 druhov mikroorganizmov, ktoré môžu infikovať ľudí, a sú široko prítomné v ľudských ústach, nose, hltane, tráviacom trakte, urogenitálnom trakte a koži.
Každý môže byť infikovaný viac ako 150 druhmi patogénov vo svojom živote. Za stavu normálnej ľudskej imunitnej funkcie nespôsobia ochorenie a niektoré sú dokonca prospešné pre ľudské telo. Napríklad črevná flóra (E. coli atď.) môže syntetizovať viacero vitamínov. Existencia tejto flóry môže tiež inhibovať reprodukciu niektorých patogénnych baktérií, takže tieto mikroorganizmy sa nazývajú normálna mikroflóra (normálna flóra). Ale keď sa zníži imunita tela, rovnováha medzi ľuďmi a mikroorganizmami je Keď je zničená, normálna flóra môže tiež spôsobiť choroby, takže sa nazývajú aj podmienené patogény (podmienené patogény). Či je telo napadnuté patogénom alebo nie, na jednej strane súvisí s vlastnou imunitou, na druhej strane závisí aj od patogenity patogénu a počtu invázií. Všeobecne platí, že tým väčší počet, tým väčšia je možnosť ochorenia. Najmä patogény so slabšou patogenitou vyžadujú väčšie množstvo, aby spôsobili ochorenie. Niekoľko mikroorganizmov je dosť patogénnych a môže spôsobiť ochorenie ľahkými infekciami, ako je mor, kiahne a besnota.