Vysokoúčelová kvapalinová chromatografia (HPLC)

Hoci dvojrozmerná gélová elektroforéza (2-DE) je bežne používanou metódou na analýzu celého proteómu, má obmedzenia, ako je obmedzená separačná schopnosť, diskriminačný účinok a komplikované prevádzkové postupy. Často je ťažké získať uspokojivé výsledky pre analýzu veľkého dynamického rozsahu, nízkej hojnosti a hydrofóbnych bielkovín. Chong et al. použila HPLC/hmotnostnú spektrometriu na porovnanie a analýzu diferenciálnej expresie premalígnych a rakovinových proteínov. Proteín bol oddelený metódou HPLC a zozbierané frakcie boli identifikované MALDI-TOF- MS tak, že proteín bol kvantitatívne analyzovaný v diferenciálnej expresii týchto dvoch druhov buniek. Ako nový typ separačnej technológie nemá viacrozmerná kvapalinová chromatografia obmedzenie relatívnej molekulovej hmotnosti a izoelektrického bodu. Kombináciou rôznych režimov eliminuje diskriminačný účinok dvojrozmernej gélovej elektroforézy. Má vlastnosti vysokej špičkovej kapacity a ľahkej automatizácie. Dvojrozmerná chromatografia iónovej výmennej a reverznej fázy (2D-IEC-RPLC) je najbežnejšie používaný viacrozmerný systém separácie kvapalinovej chromatografie vo výskume proteomiky.