gény so špeciálnymi funkciami "plávajú" s podobnými divokými rastlinnými kmeňmi, čo ich robí odolnými voči herbicídom a ťažko kontrolischopnými; alebo spôsobuje, že škodcovia vytvárajú protilátky proti insekticídom. Okrem toho môžu niektoré malé tvory vyhynúť po konzumácii geneticky modifikovaných rastlín s insekticídnymi funkciami. Zástancovia poukázali na to, že samotná poľnohospodárska výroba je činnosťou, ktorá poškodzuje životné prostredie, a geneticky modifikované plodiny nespôsobia väčšie škody na životnom prostredí ako tradičné poľnohospodárstvo. Rastliny majú schopnosť odolávať hmyzu a poľnohospodári môžu znížiť postrek insekticídov, čo je prospešné pre životné prostredie a biologickú ochranu.
Takéto spory nie je ľahké v krátkom čase vyvodiť. Polemika o geneticky modifikovaných plodinách by sa mala povedať ako normálny jav. Po prvé, samotné novovyvinuté odrody nie sú dokonalé a ich strednodobé až dlhodobé účinky na ľudské telo a životné prostredie ešte treba vidieť. Ľudia vyjadrujú svoje obavy z legitímnych dôvodov. Po druhé, vždy budú niektorí konzervatívni ľudia, ktorí nie sú zvyknutí na nové technologické produkty a odmietajú ich prijať. Potom je tu vplyv obchodných konfliktov záujmov. Vlády a záujmové skupiny niektorých krajín používajú neprimeranosť geneticky modifikovaných potravín na boj proti obchodným vojnám, čo veci komplikuje.