Tí, ktorí sú proti geneticky modifikovaným potravinám, zahŕňajú širokú škálu záujmových skupín, od Greenpeace po združenia poľnohospodárov až po kresťanské cirkvi atď. Ich odpor sa sústreďuje v troch oblastiach:
Po prvé, genetická modifikácia je proti prírode, a preto je škodlivá. Zástancovia tvrdia, že dnešné plodiny už nie sú primitívnymi odrodami, inak by zelenina, ktorú ľudia jedia, mala byť rovnaká ako tráva, ktorú zvieratá jedia.
Po druhé, po zavedení génov s odolnosťou voči herbicídom alebo toxickými funkciami zabíjania škodcov do rastlín sú potraviny, ktoré poskytujú ľuďom bezpečné? V reakcii na tento bod zástancovia zdôraznili, že doteraz žiadne kvalifikované výskumné inštitúcie nenašli dôkazy o tom, že geneticky modifikované potraviny poškodzujú ľudské zdravie, ale ich dlhodobý vplyv možno len odvodiť a je ťažké získať komplexné dôkazy na presvedčenie ľudí.
Po tretie, je možné, že podpora geneticky modifikovaných rastlín príliš rýchlo ovplyvní poľnohospodárstvo a ekologické životné prostredie? Podpora geneticky modifikovaných plodín, ktoré sú odolné voči herbicídom, môže povzbudiť poľnohospodárov k nadmernému využitiu herbicídov, čo spôsobí poškodenie alebo dokonca vyhynie niektorých iných ako hlavných plodín. Mnohí poľnohospodári v rozvojových krajinách používajú také nepodiešné plodiny ako doplnkové potraviny alebo ako krmivo. Americká správa pre rybolov a voľne žijúce živočíchy zistila, že herbicídmi sú postihnuté 74 druhov rastlín a sú ohrozené.