Funkčné skupiny sú atómy alebo skupiny atómov, ktoré určujú chemické vlastnosti organických zlúčenín. Bežné funkčné skupiny zahŕňajú hydroxyl, karboxyl, éter, aldehyd, karbonyl a podobne. Organické chemické reakcie prebiehajú hlavne na funkčných skupinách, ktoré zohrávajú rozhodujúcu úlohu vo vlastnostiach organických zlúčenín.
